מזה כ- 30 שנים התמחה רפי בתחום של יעוץ ארגוני ופיתוח מנהיגות בארגונים ציבוריים גדולים (כמו צה”ל – חיל האוויר ומשטרת ישראל).
כחלק מתחום התמחותו עוסק רפי בייעוץ ואימון אישי לדרג ניהולי בכיר, פיתוח ניהולי ומנהיגותי, פיתוח תהליכי חוסן ארגוני, המשכיות עסקית ופיתוח חשיבה אסטרטגית להנהלות בכירות, ליווי וייעוץ להובלת תהליכי שינוי רחבי היקף, הכנה מנטלית למצבי חירום ומשבר ובניית מערכות אתיות בארגון- בארגונים עסקיים ,ציבוריים במגזרים שונים, עמותות ובקהילות שונות.
בתפקידו המקצועי האחרון במשטרת ישראל, הקים וניהל את המרכז לפיתוח מנהיגות של הארגון שהתמקד בפעילותו במנהיגות הבכירה בארגון.
קודם לכן ניהל רפי את מחלקת מדעי ההתנהגות של משטרת ישראל העוסקת בשלושה תחומי תוכן ארגוניים: מיון, מחקר וסיקור פנים ארגוני ויעוץ ארגוני. בתקופת ניהולו של רפי, הייתה המחלקה אחראית, יחד מחלקת מדעי ההתנהגות של צה”ל, על ההכנה המנטלית וליווי הכוחות במשימת ההינתקות, בשני הארגונים.
בעברו שירת רפי כסוציולוג (יועץ ארגוני) בחיל האוויר, בתפקידי יעוץ שונים. בתפקידו האחרון שימש כראש ענף חקר ופיתוח הדרכה של החיל (תפקיד ברמת סגן אלוף).
מאז פרישתו, לפני כ-8 שנים, ממשטרת ישראל, עוסק רפי בתחומי התמחותו, כמנהל שותף בחברת Maze Global , העוסקת בתחום של פיתוח ארגוני, מנהיגותי וניהולי ושיפור יכולת ההתמודדות של ארגונים עם מצבים מורכבים. מעבר לעבודתו הייעוצית, מלמד רפי במכללה האקדמית ת”א יפו ובאוניברסיטת בר אילן קורסים בתחומים של מנהיגות והנעת עובדים, משאבי אנוש תכנית פרקטיקום ליועצים ארגוניים וניהול שינוי לעובדים סוציאליים בתואר שני.
רפי הוא חבר בכיר באיגוד הישראלי לפיתוח ארגוני(איפ”א) ולשעבר יו”ר הארגון ויו”ר וועדת ההדרכה שלו.